Почетком деведесетих година XIX века Српска православна црква у Краљевини Србији почела је, путем чланака у црквеној штампи, да развија идеју о нужности повећања богословске образовне спреме јер се средњошколско образовање које је стицано у београдској Богословији показало недовољним за потребе Цркве. Током 1892. године идеја о вишем образовању је разрађивана и добила је своју тадашњу форму у оквиру предлога за оснивање више трогодишње Богословије која би као факултет могла ући у састав београдске Велике школе. Када је министар просвете 1893. године покренуо питање подизања Велике школе у ранг универзитета, сматрало се да ће на њему бити места и за теолошки факултет. Међутим, Комисија за подизање Велике школе у ранг универзитета и црквена делегација, постигле су тек 1899. године договор да на будућем београдском универзитету буде заступљен и теолошки факултет. Да би спремила своје будуће кадрове за универзитетско школовање Црква је почетком XX извршила реформу средњег богословског образовања. Али упоредо са овом школском реформом суочила се са и са недостатком наставног кадра који би предавао на будућем теолошком факултету. Због тога, иако је Законом о Београдском универзитету из 1905. године било предвиђено и оснивање Богословског факултета, идеја тада није спроведена у дело. Високо теолошко образовање, о којем се расправљало и наредних година, чекало је нову прилику. Она се указала током априла 1914. године када је у пројекту о изменама и допунама Закона о Београдском универзитету, било предвиђено и коначно установљење Богословског факултета. Међутим, Државни савет Краљевине Србије није се сложио са овим предлогом јер је сматрао да високо теолошко образовање треба сместити у виду одсека на неки од већ постојећих факултета, сасвим извесно Филозофског факултета. Али, реализацију једне или друге идеје прекинуло је избијање Првог светског рата. Овај рат је прекинуо и настојања Карловачке богословије Српске цркве, у тадашњој Аустро-Угарској, да прерасте у самосталан факултет, јер се статутом из 1906. године сасвим приближила факултетском облику и садржини наставе.

Након Првог светског рата, доласком руских избеглица у ослобођену Србију и уједињену Краљевину Срба, Хрвата и Словенаца, стигао је и богословски академски професорски кадар па је тиме и извесност оснивања теолошког факултета бивала све ближа. Професорски кадар Карловачке богословије са академским титулама је давао овој идеји потпуну извесност. И заиста, 1920. године, почео је са радом Православни богословски факултет Београдског универзитета. Прва седница новооснованог факултета одржана је 6. септембра у универзитетском Ректорату, а предавања су почела 15. децембра 1920. године. Трајање студија на Православном богословском факултету износило је четири године. Школске 1920/21. на факултет се уписало 107 студената, углавном Срба. Током наредних година на факултет су се уписивали у значајнијем броју и руски студенти. Иако је број студената током првих година варирао, доцније је почео да расте и школске 1938/39. године на факултету је студирало 340 студената. Факултетска библиотека је такође отворена 1920. године и имала је у почетку око 2.000 наслова. Факултет је 1926. године покренуо свој научни часопис Богословље, а студенти су 1932. године покренули свој часопис Светосавље. Оба часописа престала су да излазе 1941. године због избијања Другог светског рата. Стари дом студената Православног богословског факултета, који се налазио на Косанчићевом венцу, срушен је током бомбардовања 6. априла 1941. године. Током Другог светског рата Православни богословски факултет није радио, а испити су на њему у том периоду одржани само три пута.

Одмах након Другог светског рата поставило се питање опстанка Православног богословског факултета на Београдском универзитету. Ипак, иако суочен са разним опструкцијама, факултет је наставио да ради као део универзитета још неколико година јер су југословенске комунистичке власти сматрале да се за његово избацивање нису биле погодне међународне околности. Тако је Влада Народне Републике Србије одлуку о одстрањивању Православног богословског факултета са Београдског универзитета донела 15. фебруара 1952. године. Одлука је реализована 30. јуна исте године, а сутрадан је основан Богословски факултет Српске православне цркве. Током педесетих година (1950, 1951, 1954) Богословски факултет је објавио три броја научне публикације Зборник Православног богословског факултета. Факултет данас објављује три часописа: научни часопис Богословље који је поново покренут 1957. године, научни часопис Philotheos чији је први број објављен 2001. године и студентски часопис Логос који је покренут 1991. године.

Деведесете године XX века донеле су знатан бољитак Богословском факултету Српске православне цркве јер се стотине младих људи одлучивало да студира на њему. Иако се питање враћања факултета у састав Универзитета у Београду отварало неколико пута у јавности, током деведесетих ова идеја није реализована. Услови за повратак факултета на универзитет стекли су се након промене власти у Југославији и Србији 2000. и 2001. године. Повратак Богословског факултета на Универзитет у Београду догодио се нешто доцније, када је Влада Републике Србије, на предлог свих традиционалних цркава и верских заједница у Србији и уз подршку 22 факултета Универзитета у Београду, 9. јануара 2004. године поништила решење Владе Народне Републике Србије од 15. фебруара 1952. године, којим је овај факултет искључен из састава Универзитета у Београду. Оглашавањем ништавим наведеног Решења значи да оно правно никада није постојало и да није произвело ниједну правну последицу, те да је Факултет државни факултет, да то никада није ни престао да буде, да је у саставу Универзитета у Београду и да никада није ни престао да буде у саставу Универзитета у Београду. Тиме је Богословски факултет Српске православне цркве поново постао Православни богословски факултет Универзитета у Београду.

Данас на Православном богословском факултету студира око 1300 студената.